La pertinence et la fiabilité des indicateurs de performance étant cruciales, ils font l’objet d’une amélioration continue d’un exercice budgétaire à l’autre. Au terme de la troisième année budgétaire en mode LOLF, on constate ainsi une nouvelle progression du taux de renseignement des indicateurs dans les RAP :
Ces évaluations restent à prendre avec prudence ; certains indicateurs se sont parfois révélés peu pertinents ou inchiffrables, et n’ont alors pas de valeur de réalisation 2008. Certains disposaient de valeurs prévisionnelles plus faciles à atteindre que d’autres. Tous permettront de mieux appréhender les engagements qui figureront dans les PAP 2010. Les RAP sont donc un élément clé de la construction du budget de l'année suivante : les résultats mesurés permettent de s’interroger et de réorienter l’action à venir, afin d’améliorer l’efficacité de la dépense et de l’action publiques.
L’évaluation a été faite, pour chaque mission, par l’examen de chacun des indicateurs présentés dans le RAP, pour qualifier l’écart entre le résultat du RAP 2008 et la prévision initiale du PAP 2008, tout en tenant compte de l’évolution par rapport à l’année antérieure. Quand l’indicateur a plusieurs sous-indicateurs et est donc représenté par plusieurs chiffres, l’évaluation est globale, s’appuyant sur l’ensemble des sous-indicateurs, le cas échéant selon leur importance.